Quatre tortugues mutants, en Donatello, en Michelangelo, en Leonardo i en Raphael, que, ajudades pel seu mestre, un ratolí mutant, lluitaran contra les accions de la banda de Shredder, conegut amb el nom de Tecnodrom, que intenten destrossar l'ordre i la pau de la ciutat, i alhora destruir les tortugues Ninja, que són els seus pitjors enemics.